Ο ναός είναι κτισμένος στην πλαγιά τού λόφου, έξω από τις βόρειες παρυφές του σημερινού χωριού, αλλά μέσα στο χώρο τού παλαιού οικισμού. Το μνημείο δεν είναι εύκολα ορατό, γιατί η βόρεια πλευρά του βρίσκεται μέσα στην απότομη πλαγιά του υψώματος – εξέχει μόλις 2 μ. από την επιφάνεια του εδάφους – και κυρίως, γιατί ολόκληρη η νότια και δυτική όψη του κρύβονται από μια μεταγενέστερη, πρόχειρη και κακότεχνη, κλειστή στοά που φτάνει σχεδόν ως τη στέγη. Πίσω όμως από τη στοά αυτή κτιριακά τουλάχιστον ο ναός διατηρείται σχεδόν αλώβητος. Οι φθορές περιορίζονται στις κορυφές των τοίχων κάτω από τη σκεπή και οφείλονται στις αλλεπάλληλες επισκευές της στέγης καθώς και στην ανατολική πλευρά, όπου η τοιχοποιία έχει δεχθεί μικροεπισκευές και η εξωτερική όψη της κόγχης έχει καταστραφεί.
Ο ναός είναι δρομικό μονόχωρο και ξυλόστεγο κτίσμα με εσωτερικό πλάτος 4.05 μ. περίπου και μήκος 6.74 μ. στη βόρεια πλευρά και 6.36 μ. στη νότια. Στα ανατολικά απολήγει σε κόγχη, η οποία στο εσωτερικό έχει σχήμα ελαφρά υπερυψωμένου τόξου και στο εξωτερικό εξέχει με μορφή ορθογώνια.
Ο ανατολικός τοίχος εκτός από την κόγχη του Ιερού φέρει και μια δεύτερη για τις ανάγκες της πρόθεσης, μικρότερη ημικυκλική, που ανοίγεται στο πάχος του τοίχου, ενώ ο δυτικός διαμορφώνεται με δύο στενόμακρα αψιδώματα, ύψους 2.45, πλάτους 0.78 και βάθους 0.35 μ. περίπου. Αυτά είναι τοποθετημένα στις άκρες του τοίχου, δηλαδή η μία τους πλευρά αποτελεί συνέχεια των μακρών πλευρών του ναού και η βάση τους βρίσκεται στο επίπεδο του δαπέδου.
Έκτος από το ορθογώνιο σχήμα της αψίδας στο εξωτερικό και τα στενόμακρα αψιδώματα στην εσωτερική όψη του δυτικού τοίχου, τα όποια οπωσδήποτε αποτελούν ιδιομορφίες του ναού στον Κλοκωτό, εντύπωση κάνουν οι υψηλές αναλογίες του κτίσματος. Το ύψος των τοίχων στο εσωτερικό φτάνει τα 4.50 μ. και η κορυφή της αετωματικής απόληξης στις στενές πλευρές τα 5.80 μ. Η υπερύψωση όμως αυτή είναι φανερή μόνο στο εσωτερικό, γιατί στο εξωτερικό ο όγκος του μνημείου δένεται αρμονικά με την απότομη πλαγιά του λόφου και η βόρεια πλευρά του εξέχει από την επιφάνεια του εδάφους μόλις 2 μ. Οι υψηλές δηλαδή αναλογίες δεν οφείλονται σε ορισμένες αρχιτεκτονικές τάσεις, αλλά στους ειδικούς λόγους πού δημιουργεί στη θέση αύτη η μορφολογία του εδάφους. Συγκεκριμένα οι τεχνίτες, για να δημιουργήσουν ένα οριζόντιο επίπεδο επάνω στο όποιο θα ύψωναν τους κατακόρυφους τοίχους, έσκαψαν το έδαφος γύρω στα 4 μ. στη βόρεια πλευρά του ναού και έδωσαν ύψος στο μνημείο, για να είναι ορατό από όλες τις πλευρές και να μη χωνεύεται το κτίσμα μέσα στην επικλινή πλαγιά του λόφου.
Η εκκλησία φέρει δύο εισόδους, μία στο μέσο της δυτικής πλευράς και μία στη νότια, οι οποίες έχουν το ίδιο πλάτος (1.38 μ.) και διαμορφώνονται κατά τον ίδιο τρόπο. Οι σταθμοί είναι κτιστοί και για υπέρθυρο φέρουν ένα «πρέκι» από ξύλινο δοκάρι πάχους 0.16 μ., που εισχωρεί μέσα στην τοιχοποιία και πιάνει όλο το πάχος του τοίχου. Ιδιαίτερα γλυπτά περίθυρα δεν υπήρχαν. Οι θύρες, όπως δείχνει το «κούφωμα» πού σώζεται στο δυτικό άνοιγμα, ήταν ξύλινες. Η επίστεψη κάθε εισόδου διαπλάσσεται με ένα ανακουφιστικό υπερυψωμένο τόξο – ύψους 1 μ. περίπου, που το τύμπανό του υποχωρεί κατά 0.19 μ. και στη βάση του φέρει ένα λοξότμητο πώρινο γείσο πού εξέχει από την επιφάνεια του τοίχου κατά 0.12 μ.
Παράθυρα ο ναός δεν έχει. Μόνο στην κόγχη του Ιερού υπάρχει μια φωτιστική σχισμή, ύψους 0.40 και πλάτους 0.12 μ., ενώ ένα δεύτερο φωτιστικό άνοιγμα, πλάτους 0.48 μ., στο δυτικό τμήμα του βόρειου τοίχου, είναι εντελώς νεότερο.
Στην τοιχοδομία χρησιμοποιούνται πωρόλιθοι σε δεύτερη χρήση και λίγες λιθόπλινθοι. Οι πωρόλιθοι έχουν συ-χνά μεγάλες διαστάσεις – 1.30 x 0.30 μ., 1 x 0.27 μ., 0.95 x 0.62 μ., 0.60 x 0.60 μ. κλπ. – και κατά κανόνα είναι τετραγωνισμένοι, αλλά τα μεγέθη τους ποικίλλουν και δε δίνουν τη δυνατότητα στον τεχνίτη να κτίσει σε συνεχείς στρώσεις. Μόνο σε λίγες περιπτώσεις μια ολόκληρη σειρά πωρόλιθων έχει το ίδιο ύψος και σχηματίζεται ένας αδιάσπαστος δόμος.
Οι ορθογωνισμένοι πωρόλιθοι και οι λιθόπλινθοι, που η λάξευσή τους είναι σχετικά προσεγμένη, περιβάλλονται από τις τέσσερις πλευρές τους με μια σειρά οπτόπλινθων, κατά το πλίνθο περίκλει στο σύστημα, αλλά η διάταξη αύτη δεν αποτελεί κανόνα. Συχνά υπάρχουν μικρές οριζόντιες ζώνες με δύο, τρεις ή τέσσερις σειρές πλίνθων και στους κατακόρυφους αρμούς παρατηρούνται πλίνθινα κομμάτια τοποθετημένα λοξά ή οριζόντια και επάλληλα. Ο τεχνίτης δηλαδή χρησιμοποιεί το πλινθοπερίκλειστο σύστημα με ελευθερία και κυρίως με τις πλίνθους γεμίζει τα κενά που δημιουργούνται από την ατελή λάξευση και τα διαφορετικά μεγέθη και σχήματα των πώρινων και λίθινων στοιχείων.
Τα μετωπικά τόξα των αψιδωμάτων του δυτικού τοίχου και της κόγχης της πρόθεσης διαμορφώνονται με οπτόπλινθους, ενώ στα ανακουφιστικά τόξα των εισόδων έχουμε μεικτή κατασκευή με πλίνθους και πωρόλιθους. Το πάχος των πλίνθων είναι 0.03, 0.035 και 0.04 μ. και στα αρμοκάλυπτρα το κουρασάνι σκεπάζει τις άκρες των λίθων, όπου αυτοί δεν είναι ορθογωνισμένοι.
Ιδιαίτερη κεραμική διακόσμηση δεν έχει ο ναός, εκτός από μια υποτυπώδη στο αέτωμα της ανατολικής πλευράς. Εκεί υπάρχει μια ζώνη πωρόλιθων που έχουν στο επάνω τμήμα τους ημιεξαγωνικό σχήμα και τις πλευρές τους περιβάλλει μια σειρά πλίνθινων κομμα-τιών, αλλά από τη διακόσμηση αυτή σώζονται ελάχιστα μόνο υπολείμματα, γιατί στην πλευρά αυτή ο τοίχος έχει επισκευαστεί. Στο εσωτερικό ο ναός ανακαινίστηκε κατά καιρούς και έτσι δε διατηρήθηκε τίποτε από την αρχική διακόσμηση.
Στις επιφάνειες των εσωτερικών τοίχων, τα ανακουφιστικά τόξα των θυρών και τους εξωτερικούς τοίχους, δεξιά και αριστερά από τη νότια είσοδο, διατηρούνται νεότερες τοιχογραφίες σε κακή κατάσταση. Οι εσωτερικές χρονολογούνται, σύμφωνα με την επιγραφή πού βρίσκεται επάνω από τη νότια είσοδο, στα 1735. Στην ίδια εποχή χρονολογείται και το ξυλόγλυπτο τέμπλο, ενώ η εξωτερική τοιχογράφηση, στα πλάγια της νότιας εισόδου, κατά έναν αιώνα νωρίτερα.
Το δάπεδο είναι πρόχειρα κατασκευασμένο από λίθινες και μαρμάρινες πλάκες και περιφερειακά, κατά μήκος του βόρειου, δυτικού και νότιου τοίχου, είναι υπερυψωμένο. Τέλος, η Αγία Τράπεζα είναι κτιστή και ενσωματώνεται στην κόγχη του Ιερού.
Η τοιχογράφηση του εσωτερικού είναι πολύ νεότερη από την κατασκευή του κτίσματος και δε βοηθάει στη χρονολόγηση. Βέβαια η επιγραφή στη νότια είσοδο αναφέρει «ανηγέρθη και ανιστορήθη», αλλά, όπως είναι γνωστό, πρόκειται για τυπική φράση που χρησιμοποιείται στις επισκευές ή τις επαναζωγραφήσεις. Εξάλλου, οι τοιχογραφίες που βρίσκονται στο εξωτερικό του ναού στα πλάγια της νότιας θύρας ανάγονται στο 17ο αι., δηλαδή έναν αιώνα νωρίτερα από το «ανηγέρθη» της επιγραφής. Έτσι, μένουν μόνο τα καθαρά αρχιτεκτονικά στοιχεία για τη χρονολόγηση του μνημείου.
Οι υψηλές αναλογίες, όπως είδαμε, οφείλονται στη μορφολογία του εδάφους και δεν έχουν σχέση με ορισμένες τάσεις της αρχιτεκτονικής. Επίσης και το περίεργο σχήμα της κόγχης δεν μπορεί να προσφέρει βοήθεια για τη χρονολόγηση, γιατί η μορφή είναι σπάνια και δεν υπάρχει συγκριτικό υλικό. Κατά την παλαιοχριστιανική εποχή κυρίως στην Ανατολή, εμφανίζονται παρόμοιες κόγχες, αλλά στη βυζαντινή περίοδο, και ιδιαίτερα στο βορειοελλαδικό χώρο, είναι άγνωστες. Τα μόνα πλησιέστερα παραδείγματα είναι το καθολι-κό της παλαιάς μονής Φιλοσόφου κοντά στη Δημητσάνα (963), η εκκλησία του Αγίου Ιωάννη στο Κακοσάλεσι (τέλη 12ου αι. – αρχές 13ου αι.) και αργότερα, γύρω στα 1600, το ναΰδριο των Αγίων Αναργύρων στα Σέρβια.
Τα στενά με μορφή φωτιστικής σχισμής παράθυρα συνηθίζονται κυρίως στους χρόνους μετά την Άλωση, αλλά δεν είναι άγνωστα και στη βυζαντινή εποχή, εξάλλου, στην εκκλησία του Κλοκωτού δεν μπορούμε να είμαστε βέβαιοι, αν το παράθυρο είναι αρχικό η το άνοιξαν, όταν τοιχογράφησαν το ναό, γιατί η όψη της αψίδας είναι καταστραμμένη και δεν έχουμε στοιχεία για την εξωτερική διαμόρφωση και την ηλικία του ανοίγματος.
Έτσι, τα μόνα δεδομένα στα όποια μπορεί να στηριχθεί η χρονολόγηση του μνημείου είναι η τοιχοδομία του, η τοξοδομία και το αέτωμα της ανατολικής πλευράς.
Η ανατολική όψη της εκκλησίας έχει δεχθεί διάφορες επισκευές, όμως παρόλα αυτά έχουν μείνει ορισμένα τμήματα από την αρχική τοιχοδομία, που μας επιτρέπουν να σχηματίσουμε την εικόνα που είχε το αέτωμα. Στη βάση υπήρχε μια συνεχής σειρά πλίνθων πού ξεχώριζε το αέτωμα από την υπόλοιπη επιφάνεια του τοίχου, επάνω από τις πλίνθους ακολουθούσε μια στρώση πωρόλιθων και υψηλοτέρα στην υπόλοιπη επιφάνεια οι πωρόλιθοι είχαν σχήμα εξαγωνικό ή πεντάπλευρο και περιβάλλονταν με πλίνθινα κομμάτια από όλες τις πλευρές.
Εδώ δηλαδή, όπως και στον Άγιο Γεώργιο Αγιάς, δεν υπάρχουν κεραμικά κοσμήματα, αλλά η διάταξη των πωρόλιθων και ιδιαίτερα τα σχήματα τους δημιουργούν τη διακόσμηση στο αέτωμα, η οποία χαρακτηρίζει παλαιολόγεια μνημεία.
Επίσης και τα ανακουφιστικά τόξα των εισόδων, που τα μέτωπά τους είναι μεικτης κατασκευής με πωρόλιθους και πλίνθους, χαρακτηρίζουν την παλαιολόγεια εποχή. Στα μικρά τόξα των αψιδωμάτων της δυτικής πλευράς του εσωτερικού και στο τόξο της πρόθεσης ο τεχνίτης χρησιμοποιεί μόνο πλίνθους, αλλά στις εισόδους κατασκευάζει τα τόξα του με πλίνθους και πωρόλιθους με μια καθαρά διακοσμητική διάθεση, γιατί η μορφή αύτη της τοξοδομίας έχει καθιερωθεί.
Τέλος, και η τοιχοδομία, στην οποία καταβάλλεται προσπάθεια να εφαρμοσθεί με κάποια συνέπεια το πλινθοπερίκλειστο σύστημα με τη χρήση κάθετων οπτόπλινθων στους κατακόρυφους αρμούς, μας οδηγεί στα παλαιολόγεια χρόνια. Δείχνει να εκφράζει τις ίδιες τάσεις που συναντώνται την εποχή αυτή στη γειτονική Πόρτα-Παναγιά (1283) και το παλαιό καθολικό του Μεγάλου Μετεώρου (1388), μόλο που στον Κλοκωτό το πλινθοπερίκλειστο σύστημα είναι πιο χαλαρό, γιατί οι πωρόλιθοι, που χρησιμοποιούνται σε δεύτερη κυρίως χρήση, έχουν διαφορετικό ύψος και δε δημιουργούνται πάντα συνεχείς δόμοι.
Τα στοιχεία αυτά είναι οπωσδήποτε λίγα, αλλά μια χρονολόγηση του μνημείου στα τέλη του 13ου ή το 14ο αι. πρέπει να βρίσκεται μέσα στα χρονικά πλαίσια της κατασκευής του ναού.