Η αρχιτεκτονική δομή του ναού
Ο Βυζαντινός ναός του Αγίου Νικολάου Κρήνης Τρικάλων είναι ένας μονόχωρος ναός ορθογώνιος, εσωτερικών διαστάσεων 9,80μ. x 7,73μ. (χωρίς την κόγχη του Ιερού). Στα δυτικά φέρει ασύμμετρο νάρθηκα σε σχήμα τραπεζίου. Στην ανατολική πλευρά απολήγει σε τρίπλευρη εξωτερικά και ημικυκλική εσωτερικά κόγχη (χορδής 1,79μ. και βέλους 0,73μ.).
Δύο κογχάρια πλαισιώνουν αντίστοιχα τις δύο πλευρές της. Στη νότια πλευρά του διατηρούνται τα ερείπια ορθογώνιας στοάς. Δυτικότερα, τα υπολείμματα από ένα πρόχειρο αναλημματικό τοιχίο. Η στέγη είναι ξύλινη δικλινής. Δεν είναι ορατή εσωτερικά διότι υπάρχει μεταγενέστερη ξύλινη οροφή. Μεταγενέστερο είναι και το δάπεδο του ναού. Ο κυρίως ναός φέρει μία είσοδο στη δυτική πλευρά.
Έξι μονόλοβα παράθυρα, τρία στη νότια πλευρά, δύο στη βόρεια και ένα στην αψίδα του Ιερού – φωτίζουν το εσωτερικό του κυρίως ναού. Το ιερό του ναού χωρίζεται από τον κυρίως ναό με ξυλόγλυπτο μεταβυζαντινό τέμπλο. Μεταγενέστερες παρεμβάσεις ενσωματώνουν τον αρχικό νάρθηκα, στον κυρίως ναό.
Ο κυρίως ναός
Στην αρχική του μορφή ο Ιερός Ναός του Αγίου Νικολάου της Κρήνης ήταν μονόχωρος δρομικός με διαστάσεις 6,10μ.x3,90μ. Έφερε τετράγωνο νάρθηκα και στοά στη νότια εξωτερική πλευ-ρά του, τα ερείπια της οποίας σώζονται και σήμερα. Η ξυλόστεγη δικλινής κάλυψη του κυρίως ναού διακόπτονταν στο σημείο επαφής με τον χαμηλότερου ύψους νάρθηκα, ο οποίος έφερε ανεξάρτητη ξύλινη στέγη. Ο ναός έφερε τρεις εισόδους: την κύρια είσοδο στο μέσο της δυτικής πλευράς, μέσω του νάρθηκα και δύο – τειχισμένες σήμερα – στη νότια πλευρά του νάρθηκα και του κυρίως ναού αντίστοιχα, που οδηγούσαν στη στοά.
Ένας τετράγωνος νάρθηκας με εσωτερικές δια-στάσεις 3,70μ. x 3,83μ. περί-που, αποτελούσε σύγχρονη κατασκευή με τον αρχικό κυρίως ναό, όπως μαρτυρά η ενιαία τοιχοποιΐα μέχρι το ύψος της ποδιάς των παραθύρων. Το ύψος του πρώτου νάρθηκα ήταν χαμηλότερο κατά 0,50μ. από εκείνο του κυρίως ναού, σύμφωνα με νεότερη προσθήκη πάνω από το υπέρθυρο της εισόδου.
Η διμερής στοά που εκτείνεται κατά μήκος της νότιας πλευράς του ναού έχει εσωτερικές διαστάσεις 9,70 x 2,25 μ. περίπου. Το ανατολικό, μεγαλύτερο τμήμα της αντιστοιχεί στον κυρίως ναό, ενώ το δυτικό, στο νάρθηκα και περιλαμβάνει το «αγίασμα». Η πρόσβαση στο ανατολικό τμήμα της στοάς γινόταν μέσω της νότιας εισόδου του κυρίως ναού.
Λόγω της κατωφέρειας του εδάφους, το δάπεδο της στοάς είναι χαμηλότερο από το δάπεδο του κυρίως ναού. Παράλληλα, υψομετρική διαφορά παρουσιάζεται ανάμεσα στα δύο μέρη της στοάς, όπου το ανατολικό βρίσκεται σε υψηλότερο επίπεδο. Τα δύο τμήματα της στοάς έφεραν ενιαία μονόρριχτη στέγη. Από αυτή διατηρούνται οι υποδοχές των ξύλινων δοκαριών στο νότιο τοίχο του κυρίως ναού και του νάρθηκα.